SEQUENCHER GENECODES
Ayu
Dian Anggraini (51413536)
Arief
Nugraha (51413300)
Dwi
Septiani (52413704)
Fadli
Perdana (53413055)
Fariz
Yudhistira (53413267)
Haris
Wijanarko (53413935)
Jurusan
Teknik Informatika, Fakultas Teknologi Industri
Universitas
Gunadarma
Jl.
Margonda Raya No. 100 PondokCina, Depok 16424
Abstraksi
Gene
Codes Corporation merupakan
perusahaan internasional milik swasta yang berdiri di Ann Arbor, Michigan, yang
mengkhususkan diri pada perangkat lunak bioinformatika untuk analisis urutan
genetik. Produk perangkat lunak andalannya, Sequencher, adalah perangkat lunak
sekuensing yang digunakan di seluruh dunia. Penggunaannya yang ditargetkan oleh
para peneliti di laboratorium akademis dan pemerintah serta bioteknologi dan
perusahaan farmasi untuk rangkaian urutan DNA[4].
I.
PENDAHULUAN
Sequencher DNA Sequence Analysis Software adalah alat yang sangat
diperlukan untuk ilmuwan benchtop. Sequencher Genecodes selalu dikembangkan dan diperbaiki selama lebih dari
25 tahun, Sequencher menawarkan sejumlah fitur yang tak tertandingi yang telah
mendaratkannya dalam puluhan ribu terbitan. Gene Codes telah memusatkan
perhatian pada pembuatan Sequencher sebagai alat yang mudah untuk dipelajari.
Pengguna pemula dapat menghasilkan hasil dengan investasi waktu minimal
sementara pengguna berpengalaman akan mengagumi kedalaman fitur dan tingkat
kontrol. Sequencher dikemas dengan algoritma proprietary dan favorit
peer-reviewed yang menghasilkan hasil untuk data barisan Sanger, Next-Gen
Sequencing (NGS), dan RNA-Seq.
II.
PEMBAHASAN
a.
Sejarah
Gene Codes
Corporation didirikan pada tahun 1988 di Ann Arbor, Michigan, yang di ketuai
oleh Howard Cash[1]. Pada tahun 1991
Sequencher, dirilis. Pada tahun 1997, hampir setiap perusahaan farmasi dan
perusahaan genomik komersial di dunia menggunakan Sequencher, dan juga hampir
sebagian besar laboratorium di pusat akademik utama. Sequencher 5.4 dirilis
pada tahun 2015 [1]
b.
Metode Sequencher
Sequencher 5.1 memiliki kemampuan untuk melakukan Sanger Sequencing dan
Next Generation Sequencing. Sequencher memiliki alat canggih yang membantu
analisis umum rangkaian dan membuat laporan yang merupakan analisis mendalam
dengan kumpulan data[4].
c.
General Analysis[3]
• Memiliki kemampuan impor dan ekspor data
yang luas
• NCBI BLAST Search
d.
Sanger Sequencing[3]
·
Impor data dari salah satu CE Instrument
·
Membersihkan data mentah dengan cara memangkas vektor
dengan kualitas yang rendah
·
Melakukan alignment de novo atau reference based
assembly dengan fleksibel
·
Mempersiapkan dengan mudah antara file data yang
sejajar menganalisis jejak secara lokal atau global untuk menemukan puncak
sekunder atau tidak beralasan.
·
Memindahkan antara multi-frame dan restriction maps
·
Menyiapkan template yang dapat digunakan kembali untuk
proyek umum yang memungkinkan pengguna menggunakan penomoran dan fitur dasar
dari urutan referensi.
·
Membandingkan proyek serupa menggunakan tabel varian
·
Membuat laporan yang dengan cepat dan jelas
mendokumentasikan temuan penelitian
e.
Next Generation Sequencing[3]
• Mudah mengimpor NGS reads
• Lihat hasil menggunakan
Tablet
• Analisis SNP
f.
Macam-macam Analisis yang ada pada Sequencher Genecodes
:
1.
Assembly
Sequencher telah membangun reputasinya pada algoritma perakitan sekuens DNA
berpemilik yang telah menetapkan standar di laboratorium penelitian di seluruh
dunia selama lebih dari 25 tahun. Tidak ada program lain yang memberikan kita seperangkat
fitur berbasis sains yang bisa disesuaikan dengan hampir semua proyek dan
mendapatkan hasil dengan cepat.
Sequencher memiliki beberapa algoritma perakitan yang berbeda serta mode
perakitan yang berbeda yang memberikan fleksibilitas untuk bekerja dengan data
urutan jenis apapun.
Dengan tiga algoritma perakitan yang
berbeda untuk data Sanger, kita memiliki kontrol penuh atas cara data DNA
dikumpulkan. Algoritma pertama disetel untuk mengetahui data yang dihasilkan
dari mesin sekuensing, algoritme kedua memungkinkan kita mengontrol berapa
banyak kesalahan yang salah yang kita izinkan dalam data gabungan yang kita
buat, dan yang ketiga berkaitan dengan kesenjangan besar (lebih dari 10 basis )
dengan mudah.
Kita dapat menyempurnakan parameter perakitan untuk mendapatkan kecocokan
terbaik dengan data Kita. Mudah untuk menyesuaikan persentase pertandingan
dengan cepat, minimum overlap, dan menyesuaikan penempatan celah dengan ketiga
algoritma perakitan. Dan pengaturan khusus disimpan secara otomatis untuk
proyek berikutnya. Jika kita ingin berbagi setting dengan kolega kita atau
menggunakannya kembali untuk proyek yang berbeda, kita tidak perlu
menuliskannya, kita dapat membuat Template proyek untuk menghemat waktu.
2.
RNA – Seq
Selama beberapa tahun terakhir, RNA-Seq
telah menjadi teknik yang sangat populer dengan haknya sendiri sebagai tambahan
microarray dalam studi ekspresi gen. Kemampuan untuk mengurutkan RNA dan
menyelaraskannya sebelum analisis lebih lanjut adalah teknik yang kuat namun
secara teknis menantang. Hal ini terutama disebabkan oleh fakta bahwa pelurus
urutan kuat semua didorong oleh perintah. Sequencher memberi kita antarmuka
pengguna grafis yang konsisten di seluruh algoritme NGS dan akses ke semua opsi
yang biasanya kita lihat di baris perintah.
GSNAP adalah algoritma pilihan karena kemampuannya untuk menangani genom
atau transkripsional referensi, kejadian sambatan, atau varian, termasuk
beberapa ketidakcocokan atau indels panjang. Ini memiliki mode keselarasan yang
berbeda yang memungkinkan kita bekerja dengan data yang mengandung berbagai
SNP, basis methylated, atau basis RNA-I dibandingkan dengan urutan referensi.
GSNAP bahkan memungkinkan kita untuk mencicipi dan menyelaraskan sub-set data kita
untuk memastikan semuanya berjalan dengan baik di tahap persiapan perpustakaan
dan urutan berikutnya. Dan jika kita memiliki keraguan tentang data kita,
periksa kualitasnya dengan Laporan FastQC. Uji bacaan kita dengan sebelas
metrik terpisah dan buat laporan yang mudah dimengerti. kita bahkan dapat
menggunakan Laporan FastQC sebagai alat untuk melacak kualitas dari waktu ke
waktu dari data yang kita terima. Dengan External Data Browser, kita bisa
memantau kemajuan keberpihakan kita - jadi jangan coba tebak lagi jika masih berjalan
atau tidak
III.
PENUTUP
Genecodes
menyediakan aplikasi software Sequencher untuk membantu para pengguna untuk
mempermudah mengatur data dan dapat mengimpor dan mengekspor data yang lebih
luas, dan mempermudah membuat laporan dengan cepat dan jelas.
IV.
DAFTAR
PUSTAKA
[1]
Gene codes Appreciation Page , Jonathan Hoyle’s Web Site
[2] Gene
Codes Releases Sequencher 5.4, DNA Sequence
Analysis Software http://www.businesswire.com/news/home/20151110006029/en/Gene-Codes-Releases-Sequencher-5.4-DNA-Sequence. Online. (diakses 4 Juni 2017)
(diakses 4 Juni 2017)
[4] Wikipedia.
2016.Gene
Codes.
Online. (diakses 4 Juni 2017)
